С учетом реализуемых программ магистратуры, в настоящее время Университет представляет собой единый комплекс с непрерывной, многоуровневой подготовкой специалистов для предприятий морского и речного транспорта, по уровню высшего образования: программам бакалавриата, специалитета и магистратуры, программам подготовки кадров высшей квалификации – программам аспирантуры, уровню среднего профессионального образования – программам подготовки специалистов среднего звена, а также слушателей по программам профессиональной переподготовки, повышения квалификации, в области речного и морского транспорта.
Уникальность нашего университетского комплекса заключается в возможности получения высшего морского образования в центре Сибири.
С 2005 года в университете успешно функционирует система менеджмента качества, выстроенная на основе международного стандарта ИСО 9001, при обязательном выполнении требований Международной конвенции «Правила дипломирования моряков и несения вахты» с поправками 1978 года (ПДНВ- 78).
В политике университета в области качества указаны миссия и стратегические цели вуза.
Миссия университета – предоставление образовательных услуг обучающимся по основным и дополнительным образовательным программам в соответствии с лицензией на право образовательной деятельности, выполнение прикладных и фундаментальных научных исследований с целью кадрового обеспечения и поддержки инновационного развития предприятий и организаций отрасли водного транспорта и смежных отраслей в Российской Федерации.